mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTCATT TCGGAGGGTTATTTCATGCCGGT AATTCGTTTATTTTACATGTCAAGTGCGTGTCGGAGGGTTATTTCATGCCGGTCTAGCATTGCGCTGTCATGGAGTTGCTCTCTCATTGGCGCTATGGCTTA 4 0 3' arm Ciona_savignyi mirbase mir-281 1e-40 cin-mir-281 0.00002 -32.3 ..................(((((((((..((.(((((((.((((((((.((((...((...)))))).)))))))).))))))).))..))))).))))... (-32.30)