mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTTAGAGAAGTTTGACTT GTTAAACTTCTCTAACTGTGA TGCTTGTCTAAATATAGTATTTCCTCTGTTCCAAATTATAGTTTGCTTTGGCTTTGTCCAATGTTAAACTTCTCTAACTGTGACCAAATTTTTGGAAAAATATATTAACATCTGCAAGCTGAATTAAATACACTATCAAGACATGGAGAATTTAATGAAACTAATTTGATGTCATAGATATTGGTGTATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGGATAAAGCTAAAGTGAACTACTCTATAATTTAGGACGGAGGGAGTAATTACTATTCC ATTTTTAAGAGGATTAAATGCGTGCTTGTCTAAATATAGTATTTCCTCTGTTCCAAATTATAGTTTGCTTTGGCTTTGTCCAATGTTAAACTTCTCTAACTGTGACCAAATTTTTGGAAAAATATATTAACATCTGCAAGCTGAATTAAATACACTATCAAGACATGGAGAATTTAATGAAACTAATTTGATGTCATAGATATTGGTGTATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGGATAAAGCTAAAGTGAACTACTCTATAATTTAGGACGGAGGGAGTAATTACTATTCCAAGGTTTTTGTTTGAAATTTTATTATATGCATTATAATTTTGATTTTCTTGTCCGCTAATTTTTTTGGTCCAATTTATATTACCAGATGAACATAACATATACCAGTTCAGATGTTGGGAATATTACATTAAGTGATGGAAAGGAGGACTGCATCATACATGTTGGGCAATCGGTTTATGATTTGCAGCAACAGTTGCAGCAGCTTGCAGCCTATGCAATGCATTTGAATCCAATTTATGGAGCCTCTTTTTTTGTTTTCACTATTGTTTTGGTTGGCGTTGTATGCGCCTGCTGTAAGTTTGCAAAGAAGAGGAAGCAAATGTGGAGTCCCATACCAACAGCTTGAGATGGGAGGTCAAGCACCGAACTCTTTCAGGGTGGACAACACCGCAAGCACCACAGAT 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.0003 sbi-MIR437u 2e-63 -101.8 .................((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((.(((((((.(((.((((((((((((((((.(((((.....(((.............))).(((((...(((((..........))))).))))).))))).)))))))))))))))).))).))))))).)))))))))))))))))...))))))))))))))))))))).....)))))).))))))))))))))........... (-101.8)