mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGATCAAGTTTATAGAAAAA TTTCTAAAAACTTGATCAAAG TACTAAACTTCAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTGATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAAAATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTTTTTCTAAAAACTTGATCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTANGACAAAGCTAAAGTGAACA ATCCCTGTTGATATTGAGGCAATCAAAGGTTTTTCCAGCAACTTTAAGAACACAACTCCCTTTGTGCTATTGGGAAATGTTTGGGAGGGGATACTGAAAAATTAACTCTTTCCTTGATTTTTTAAAGCACGCTGGGCAAAGTCACTCTGATCAATTTGCCCTTAAATGGTACCATAGATCTTCAATTTAATGTTTCTTTTTTTTTCCGAAGAAATTCAGATTCATACATTCTTAATTAACTAGCTACTCTCTGTTCCAAGTTATAGTTTACTACTAAACTTCAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTGATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAAAATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTTTTTCTAAAAACTTGATCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTANGACAAAGCTAAAGTGAACAATAGTTTGAAACGGCGGGAGTACCTTTTATTCGTCTTGCAATTATTTCCAATTAAACTTTGTAATTTAGTTATCATATGGTTTGTTTAGCAAGTTGAATTTTGACATGCCTACACCTCTACAGCAAAGCTTGGC 1 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 ssp-MIR437a 2e-96 -73.1 ......((((.(((((((((..(((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.........(((((.(((((((((.((.(((...............)))...)).)))))))...............)).)))))..........)))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))..))))))))).))))..... (-73.1)