mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTTAGAGAAGTTTGACTT GTCAAACCTCTCTAACTTTGA CTACTCTCTGTTCCAAGTTATAGTTTACTACTAAACTTCAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTGATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAAAATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTTTTTCTAAAAACTTGATCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTANGACAAAGCTAAAGTGAACAATAGTTTGAAACGGCGGGAGTACCTTTT ATCCCTGTTGATATTGAGGCAATCAAAGGTTTTTCCAGCAACTTTAAGAACACAACTCCCTTTGTGCTATTGGGAAATGTTTGGGAGGGGATACTGAAAAATTAACTCTTTCCTTGATTTTTTAAAGCACGCTGGGCAAAGTCACTCTGATCAATTTGCCCTTAAATGGTACCATAGATCTTCAATTTAATGTTTCTTTTTTTTTCCGAAGAAATTCAGATTCATACATTCTTAATTAACTAGCTACTCTCTGTTCCAAGTTATAGTTTACTACTAAACTTCAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTGATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAAAATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTTTTTCTAAAAACTTGATCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTANGACAAAGCTAAAGTGAACAATAGTTTGAAACGGCGGGAGTACCTTTTATTCGTCTTGCAATTATTTCCAATTAAACTTTGTAATTTAGTTATCATATGGTTTGTTTAGCAAGTTGAATTTTGACATGCCTACACCTCTACAGCAAAGCTTGGC 1 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 ssp-MIR437a 3e-96 -86.2 .(((((((((((.((((((((.((((........((((.(((((((((..(((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.........(((((.(((((((((.((.(((...............)))...)).)))))))...............)).)))))..........)))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))..))))))))).)))))))).)))))))).)))))..))))))...... (-86.2)