mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAA CTCCTTCCTCCTGCAGTAACTAGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTAAGAGGAGCAGCTCGAAGCCTCGAACTCTACCTGCATGAGCAGGTGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAACAGAGAGCAGCATGGTTGGTG ATGCCAAAGGTGACAAGCAGCAAGCAAGCAGTGCTCCATCTCCTTCCTCCTGCAGTAACTAGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTAAGAGGAGCAGCTCGAAGCCTCGAACTCTACCTGCATGAGCAGGTGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAACAGAGAGCAGCATGGTTGGTGGCGTCAACTTCATCGGTTGGTAGATGCGTGATGCCCAGAGAGAAATACAAATCTACATGCATGCACCAATCAAGACGATGTAGTCTTTTCTGTCTCCAGCAGCTGGTAATAAGCTAAGGTTTAGTTTCATGTACACTTGGTTCTGATCTCCTGCATACTTTGACAGTTCTTCTTTTGTTAACTAAAAGTTTTTCAGTCGATCTATGTATTTTCGACTATTTTTTATAATGTTTTTTCCTCCGAGAAGCTTTACTTCGTTAATTTATGTTCATTCCCAAATAGTAATTCTGAGAAGCTTTTTTTTTCNN 1 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR396 6e-41 sof-MIR396 5e-72 -66.6 ..((..((...(((.((..((...((((((((((((((...((((((((((((.(((((((((.((((...))))((.((.((((....)))).))))((((((....))))))))))))))).))))))))))))...)))))))).))))))....)).)).))).))..)).. (-66.6)