mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAC ACGTACTTATTTGTATTGCCATA TCACCCTGCCAAGGGCACGTACTTATTTGTATTGCCATACGAATGAGCTGTAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTACCCTGGGCAGGGCTC 2 1 3' arm Petromyzon_marinus mirbase mir-1 0.0000003 tgu-mir-1-1 0.00000007 -40.31 ...(((((((.((((.((((((((.((((((((.((((.......(((....))))))))))))))).)))))))).)))).)))))))... (-40.31)