mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGGGACGGATGGAGTAC ACTCCCTCAGTCCAAAAAAGA TCTATGAATCTTACTCCCTCAGTCCAAAAAAGAATAAATTTGGACCAAATTTATACCAAAACGTATTGATGTTTATGATGTGTAACAAGTATCACTAGATTAATTCTGGGATGTATTTCATAATAATAAATCTAATTAAAGATCTAACTGTAGGTAATCTTCTATAAACTAGTCAAATTTAGTCCTGGTTTAGTTTCCGAAATATTTTGGGAAATGTAACTGTAGCACTACTGTAGCATTTTCGTTGTTATTTGGCAATTATTGTCCGATCATGGCCTAACTAGGCTTAAAAGATTTGTCTCGTCCATTTCGTCTAAACTGTGTAATTAGTTTTATTTTTTATCTATATTTAATGCTTCATGCATGTGTCTAAAGATTTGATGTGACGGGAATCTGAAATATTTTGGGAAATATTTTGGGAACTAAACAAGGGCTTAAGATTGTTTGACTCCTTGTGAAGCGAGACTTCAGTTCTTTTTGGGACGGATGGAGTACCATTATATC GTACCACCTTGTCCTTTTCTCTTCTTGCCCCTATCCCTCTATGAATCTTACTCCCTCAGTCCAAAAAAGAATAAATTTGGACCAAATTTATACCAAAACGTATTGATGTTTATGATGTGTAACAAGTATCACTAGATTAATTCTGGGATGTATTTCATAATAATAAATCTAATTAAAGATCTAACTGTAGGTAATCTTCTATAAACTAGTCAAATTTAGTCCTGGTTTAGTTTCCGAAATATTTTGGGAAATGTAACTGTAGCACTACTGTAGCATTTTCGTTGTTATTTGGCAATTATTGTCCGATCATGGCCTAACTAGGCTTAAAAGATTTGTCTCGTCCATTTCGTCTAAACTGTGTAATTAGTTTTATTTTTTATCTATATTTAATGCTTCATGCATGTGTCTAAAGATTTGATGTGACGGGAATCTGAAATATTTTGGGAAATATTTTGGGAACTAAACAAGGGCTTAAGATTGTTTGACTCCTTGTGAAGCGAGACTTCAGTTCTTTTTGGGACGGATGGAGTACCATTATATCCTCTTCTTTTGGCAAATACTATCCTTTTGCTCCGTTCGATGGTTCATTCAGGTGAACACCCCGCAGCAGACGGAGAGGTCAGCGAAGAAGAAGAAGCCCGGAAGTGGTGCCAGCACCAC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR2124b 0.000007 -118.8 ...........((((((.((.((((.((((((((((((((((...)))))))))....((((((....)))))).(((((.........))))).((((((.......((((.((((.......)))).)))).......))))))((((.((((...((((.((((...((((((((..((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.((.(((....))).)).))))))))..((....(((((((...))).)))).)).(((((....)))))(((((.((((.(((((((((((..(((((.((((((((...(((.(((...............))).)))...)))))).)).)..))))..)))).))))))).....)))).))))).))))))))))))))))))))).)))))).......))))))))..))))))))....))))))))))))))).)))).)).)))))).......... (-118.8)