mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCAGTGT CTGGTTTCACGTGGTGGCTTGA GGAGCCTCCTACCAGGCTGGTTTCACGTGGTGGCTTGATGTGAAAGTGCGATTCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTGGTGGGCAGAGCACG 3 1 3' arm Petromyzon_marinus mirbase mir-29 0.000005 xtr-mir-29b 0.0000003 -40.5 ...((((((((((((((((((((((.((((((.((.(((((......)))..)).)))))))).)))))))))).)))))))).)).))... (-40.50)