mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATATGAAATCGGTGTC GCTGGTTTCACGTGGTGGCTTAG CTGCTCCTGGGAGCTGGTTTCACGTGGTGGCTTAGACTGTGATGTGCCTTCTCTAGCACCATATGAAATCGGTGTCCCTGGAGTTG 3 2 3' arm Petromyzon_marinus mirbase mir-29 0.0003 xtr-mir-29d 0.00002 -39.5 ..(((((.((((((((((((((..(((((.((.(((..((.....))..)))..)))))))..)))))))))).)))).))))).. (-39.50)