mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCCGTCTCAATAA ATTTCGGGACGGATGGAGTAGCT CATAGTTAATGTGATGGTGATAAGTACTCCCTCCGTCTCAATAAATCAACTTCTAGTTCTCTTAAGTCAACTTTCTTAAGTTTGACCTAATTTGTAGAAAATATCACAAATATTTATGACACCAAACGAGTATCAATCATGAAATATATTTTCATAGCATAGCTATTTGGTATTATAGATGTTGGTACTCTTCTCCATAAAGTTAGTCGAACTTAATATATTTCGACTTGGACAACTCTGGAGGTTGATTTATTTCGGGACGGATGGAGTAGCTGCCAGGTTCCAGTGTAACAT CAGATAGTGCTTATGTGTTAAGCTTCAGTAAAGCATGAGCATCGGCATATCATACATGATACATCCACATTTCGGGCAGAGTAATGGAATTCTTCAATTATGATTACCCTTATGTTGGCGAGCTAGTTATCTAGGCAATGGAGTTGAAAATTTGGCCACCCATGTTCCCAACCCATAGTTAATGTGATGGTGATAAGTACTCCCTCCGTCTCAATAAATCAACTTCTAGTTCTCTTAAGTCAACTTTCTTAAGTTTGACCTAATTTGTAGAAAATATCACAAATATTTATGACACCAAACGAGTATCAATCATGAAATATATTTTCATAGCATAGCTATTTGGTATTATAGATGTTGGTACTCTTCTCCATAAAGTTAGTCGAACTTAATATATTTCGACTTGGACAACTCTGGAGGTTGATTTATTTCGGGACGGATGGAGTAGCTGCCAGGTTCCAGTGTAACATATTTTTTTAGCACCAGAAATAAGATCTACGTTGGTCTTTAAAAGAAATCCTGTAGTTNTCCTATATGTGGTATTCATTCTATTATCCTCTGGTTATAAGTCTCTAATTGACTAACAAGGGGATATCTGAGTTACATTTTTCTTGGTCTTTGCTTGATGCAGGTGGCTGTTGTGGTGCTCCTTGCCTTCAAAAGATATNGTATGCAGGTGGATGTTGTGTGCTCTTGACCTTAAAGATATGGTAAATGCATAGTCGGAGGATTTCTGTGATAGTGTCTCGCAACAAGAAAGAATATATCTGTTCCGCA 2 2 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 sbi-MIR1435b 0.00006 -84.2 ....((((.((.(((((((.....((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((.......(((((((((((.(((((((.((((..(((((...((((((((((.((((((..(((.......((((((.....))))))......))).)))))).)))))))))))))))...)))).))...))))))))))))))))........)))))))).))))..)))))))))))))))..)))))))).))))))..)))))...))))...)))).. (-84.2)