mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTAACTTGTGA ACTGGTTAGGCTCTTGGGAAC CGAGCCTTTTGCGCGATCCCTGAGACCCTAACTTGTGAGTTGGTTGCCCTGTCACTGGTTAGGCTCTTGGGAACCGTGCAGAATGGCAAA 2 1 5' arm Petromyzon_marinus mirbase lin-4 0.00008 sko-mir-125a 0.000001 -43.7 ...((((((((((((.((((.((((.(((((((.((((...((....))..)))).))))))).))))))))..))))))))).)))... (-43.70)