mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTGGTGGTCATTTAACC TTAGATGACCATCAGCAAAC CTAATGCAGCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCTTCCATCGATGGGTGCATGGTTTATGGCAGAGTGTGATGCCATGAACTCATCATGGTCATGCATGTGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCACGAGGCATGCA ACCGCAACGCTTTCTTGCTCCTCGATCTCTCTAAGCTGCAGCTTCCTGTCTCCAGCTACCATTCCATGCATTTGTTCCTTGGTGATGCTGAGGGCGTGACCGCCTGAGGCTGGCTAGCTACCTAATGCAGCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCTTCCATCGATGGGTGCATGGTTTATGGCAGAGTGTGATGCCATGAACTCATCATGGTCATGCATGTGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCACGAGGCATGCAAGCAAGAGATGTTCTCTCTAGCTACAGATCAGAAATCGATGACCACCACGCCATGGCTACTTCCAATGGAGGTTTTTGCGCTTCTCCGATCCCGGATGTCGTGCTTCTGCCTCCGTTCTTGATCCCGGATCTTCCGGTCTTCTTCTCAGCATTACTTTCCTTCAGAAACTGGGAGGGTTTCAATCTTTGTTTGTTTTGTGCGCATGTGGCGTGTGTTTCATGGAGATCCGTTCACTTATCTTGCTTGGTTGTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCGTCGTCATCTAGAGGATCACCAGCCGGAAATGGATGCGGTAATGGTGTCTTCATTGGGTTGACTTANGGAATATATCANGTCTCCTNCTAGGGCTTGGTCTCTCCCATCCN 0 1 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 ssp-MIR827 1e-69 -65.7 ....((((.(((.((((.(((((.((((((((((((((((((((((..((((.(((((((.((((((.(((......)))....)))))).)))))))))))............))))))))))))))))))))))))))).))))..)))...)))) (-65.7)