mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTTTATTCCTACGTGA ATGTAGGGAGGAAAGCCATGCA TCCCCGCGTTGTATGGCTTTTTATTCCTACGTGATCGTAACGCACGCTGAGCCTCATGTAGGGAGGAAAGCCATGCAACGACGGGTG 0 1 5' arm Petromyzon_marinus mirbase mir-135 0.00002 mmu-mir-135a-2 0.0000003 -45.9 ..((((((((((((((((((((.(((((((((((..((...(....)...)).))))))))))))))))))))))))))).)))).. (-45.90)