mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGACGAGGCAGAGCATG TGTTTGATTGGAGACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCTCACAAAACGAAGGTGCCTGCCTCCCTGGTGATGGCCTGACCTGAGAGGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCACCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTT GCACGAGTAGAGGTAGTTTGGCAATGGCAGCGGCCACCAGGTTTCCAGGTTTGGCATAAACACAGACACAGGTAAAGAGAGCGAGAGATGGAAGGTATGTTTGATTGGAGACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCTCACAAAACGAAGGTGCCTGCCTCCCTGGTGATGGCCTGACCTGAGAGGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCACCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGCCCATCATCTCTCTCGTTATGCTCTTGTATGTTTTTTTGCCTGCATTCTTTTCTCAGTAGCAGTATTACTTTTAGTTGTCTTTACAATAGTTCTAATAAAAACTGCAGGTCTGCAGCAGATTTGCAATAGTTCTAATAAAAACTAAGCACTGTACGACATTTATTCCACCACGACGGGCTACCGTGGCAAATTATCCCTTGTTTTCTGCTAACCAAACTCAAGAATCTTCTGTCTAGAGTGTACTTTCAGGAAGGGGAAAAAAATATTCGGTCTGCATCTTCGGNGAGCCTGCATGGACANTTGGACATCACGTCGCTTCTATTATCACAGAGCTCGACGCTCAAGGACTAANGAGAAGGGCCAAGGTGCCAGCGATCCTCAACATGCCAGA 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR408 0.0000000000002 sof-MIR408d 9e-111 -68.5 .........((((.((((((.(((((((.(((.(((.(((((....((((((.....(((....((....(((.((((.((...((.((((....))))...)).)).((((((.........)))))).))))..))).)).....)))..)))))).)))))))).))).))))))).)))))).))))........ (-68.5)