mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTACATTTGACTACTGGGTCT ACTCAGAGCCCAGTGTAGATCCTGC GCTGTTGGCACGCGAGACTCAGAGCCCAGTGTAGATCCTGCCTCGTGCACACAGCAGCTACATTTGACTACTGGGTCTCTGGTGCCAACCCA 2 4 3' arm Petromyzon_marinus mirbase mir-221 0.0003 mmu-mir-222 0.0000003 -40.6 ...((((((((..(((((((((((.(.(((((((...((((...((....)).))))))))))).).)).)))))))))..))))))))... (-40.60)