mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTTGC AGGGGAGCTCCGTCCATGACGGG AGCGACTGTCGAGCAGGGGAGCTCCGTCCATGACGGGGATTTGTCGTGTGTACTTGTCATGGAGTTGCTCTCTTGCTCGCCGTTACG 2 1 3' arm Petromyzon_marinus mirbase 100 cte-mir-281 0.00006 -44.06 .(..((.(.(((((((((((((..(.(((((((((((...............))))))))))))..)))))))))))))).))..). (-44.06)