mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTAAT TACTCCCTCCGTCCCAGAATA AGATCACTCCTACTCCCTCCGTCCCAGAATAGATGATGTTATGGGATGCGTGCTGGTCAAACTTTCTCATCTTTGACTAGATTTGTAGAAAATGTGTGCAACATTTATATCTCCAAATAAATTTATTATGATAGTATGTTCAACGATCTATCTAATGATACTAATTATGTGTTATAAATGTTATTATTCTTTTATATATAATTGGTCAAAGTTTAAAAAAGTTGACTTCTCGTGAAGCGAGAATGACTTCTATTTTGGGACAGAGGGAGTAATGTTTTATTA AGATCACTCCTACTCCCTCCGTCCCAGAATAGATGATGTTATGGGATGCGTGCTGGTCAAACTTTCTCATCTTTGACTAGATTTGTAGAAAATGTGTGCAACATTTATATCTCCAAATAAATTTATTATGATAGTATGTTCAACGATCTATCTAATGATACTAATTATGTGTTATAAATGTTATTATTCTTTTATATATAATTGGTCAAAGTTTAAAAAAGTTGACTTCTCGTGAAGCGAGAATGACTTCTATTTTGGGACAGAGGGAGTAATGTTTTATTATCCAAATTCCAAAAGTATTAGTACCAAAGAATTACAAAAGGGAGGGAGTGTTGAGTTTGGCTATAGGCCACTGCAAAATTATGACATTTGCATGACCATGCGCAAAACTAAAAATGAATTGTGCATGCCGTACAAGATTGTGGTCATTTTCCAGAACATAACTTTCTCCATAGATGTAGACAATTGCTGGAAGCTTTTGTGCTTTATGGGCAGGACTAATTAAGGTTACCTGTAACAAATATAGAATCGTATCAGATGACTTAATCCATTTATACTCTATGGGATCTTAAGGAGCCTANGCATGGTTGGGCTATGATCATAGAAAATATTCTCCTTGACTGAACCAACCTATCCTTTCTAACAGTGGCGAGTGCAGCAACAAATCANGAGTGGGGGGTGGTTGTGGTGNNN 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.0003 tae-MIR1137 0.00001 -77.3 ..........(((((((((.(((((((((((((....(((((....(((.(((.((((((.((((.....((((((((((...((((.((((.(((...((((((((((....((.((((..((((((.(((((..(((...)))..)))))))))))......)))).)).))))))))))..)))..)))).))))...))))))))))......))))))))))....)))..)))...))))).))))))))))))).)))))))))........... (-77.3)