mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCTAAAAA TTCAAGGAGGGAGGGAGTAGT TAAAATGTCATCTACTCCCTCCGTCCCTAAAAAAACGTCACTCTGGTTTTGTCCTAAGTCAAACAATATCAAATTTGACCAATCATACCTAAAATATTATAAATACTTATGATACCAAATAAGTATATTTGGATTCACCATGAGACATATTTTCATTGTATATCTATTCGGTGTCATAAATGTTGATATTCTTCTCTATAATTTTTTGTCAAACTTGACATAGTTTGACTTAGGACAAAACTAGGGTGACATTTTTTCAAGGAGGGAGGGAGTAGTAGCATTCCC GTCGACCCACGCGTCCGATAAAATGTCATCTACTCCCTCCGTCCCTAAAAAAACGTCACTCTGGTTTTGTCCTAAGTCAAACAATATCAAATTTGACCAATCATACCTAAAATATTATAAATACTTATGATACCAAATAAGTATATTTGGATTCACCATGAGACATATTTTCATTGTATATCTATTCGGTGTCATAAATGTTGATATTCTTCTCTATAATTTTTTGTCAAACTTGACATAGTTTGACTTAGGACAAAACTAGGGTGACATTTTTTCAAGGAGGGAGGGAGTAGTAGCATTCCCAATAGCGAGTTTTATTTTGTTATCCTCAAGAGCGCTAGATTATCCATAGTGCTTCAAGTTGACGAATGAAACAACACCTCCAATAATGCATAGCATTTTTTAAGCCTCTCATCTAAGTACAGCTGTAGTATCAGTTCATGCACAGACACACCCACGGCGTCCTTCTAGAGATCACCGGGACCATCCATGGCTCCGTAGACGACGGGCACGTCGCAATCCCTTTGTGGCTCCACGCGAGAGAGGCTACAAACATTTATTATGGGGAAAAACTCCGGTGGGAAAATCACGCGTCGAGCAGGGGAACGTGCGACCCGATGGCCTCGCACCGGGAGTGCTCACCACCCG 4 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 far-MIR437 0.00001 -104.4 ...(((((...(((((((((((.(((...((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((.((((.((((((.((..........((((((...((((.((((((((((.((((.((((((.(((.....)))(((((.....)))))..)))))).)))).)))))))))).))))))))))..............)).)))))).)))).)).)))))))))))))))))))))))))))).))))))...))).)))))))))))..)))))... (-104.4)