mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCGTTCTGAAGGGTTGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTATTTTCGAGAGGGAGGAGAGGAGCTAGACTCTCATGGTGGTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCC TTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCGTTCTGAAGGGTTGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTATTTTCGAGAGGGAGGAGAGGAGCTAGACTCTCATGGTGGTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCATCCCCCCATGCTTGCTTGCTTGTTTGCATCCTTCCAGGGACCTGAGATCTGAGCCTCATGGCTCATGTACAGCCACGGATTTTTTCTTCTTTTTGCTGTTTCTCCAATATTCAGTTGCTGCCGGCCGTGCTTATCCGTGCTGGAGGTTGATGAAGCAGGTTGCTGCTGCCCTCATGCCCTGTCTGGTGGTGTGGTATCGGTACCCCGTACTTGCGTCGCTTTATTCCTATCTTTGCTGGTGAGGTGTTATGTCAGTACAGTAGTTTATGTCACCCTCGTTNTAATTTCTTGTTCTATATTCTTCGGTTTCCTATCCGTACCGGCGGCGTGTGCATTCGCGGTGGCGCTCCTGGATCTCGCTCTGGATGCAGCTGCACGGCCACTTCTTCAACGCCCCAGCCCCTGGCAGATTCGCCTGTCGCTGGCTGAGCGCTCATCCGCGCTCCGGCCGGCGN 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR159 8e-69 ssp-MIR159a 2e-133 -84.8 ..((.(((((((((((.(((.(((((.((..(((((...(((.(((.(((...(((.((((.(((((....((((...(((((((((..((((((....)))))).(((((....)))))((((((.((((........))))..)).)))))))))))))...))))....))))).)))).))).)))....))).))).)))))..)).))))).))).))))))))))).)). (-84.8)