mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTAGAGGCAGCAACTGCATA ATTGATGCAAGGGGTGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCGAACCATACCGATAATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAA CGCGGAGNCCCTCATCGAGGTCGACTGGACGGAGACGTCGTACTGAACGTGCGTTTAGTTCACCCGCACTCCTGCCTCGGCACGGGCTTCTCCTACCACTTCTCTTTTGTGGTGTGATTGTATCTAGCCCTCATCATAACAATTCATCGGAAGCGGCGCGCCATCGTCGTCTCAGATTGATGCAAGGGGTGGTGACAAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCGAACCATACCGATAATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATGAACAAAAGCACAGGTTATGTTATCAGTGAACACATTGGCACAAATTTTAACTGATATATGTTGATAACAGACATGACGTTTAATTGGAATCTTGCAGCATGATACACACACAGCAGCTCTTAGGTACTCCATCCATTCCAAATTATAAGACGTATTGGGTTTTGTAGACACATTGATTTTAATATGTATCTAGACACAGTGTATATATAAATGCATAGCAAA 1 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR444 2e-62 ssp-MIR444c 1e-56 -71.7 ......((((((((.((((.((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((....)))))........))))))))))))).))))))))))))))))).)))))).)))).))))))))..... (-71.7)