mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGCCTCAAGCTTGCTGCC CACCAAGCATGAGGCAGGAAC GCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAGGACATACTTGTGGTTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTG ACAGGTCACAGCCCCTTGCTCATTGGATGACTGGATGGGGCGGACGGAAATCGCGAAAGGATGCCAAGTTCAACATGTTGTTGCTGGCCGGTCTGCGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAGGACATACTTGTGGTTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATTGGTAAAACAGGAAGTACTGTCAGTTTCTGAGCTACAAAATATAAGTGTAGAAAAATAATTTAGAAATATTAACAGGATTCAATCAGTTGTTGCTGGGGTAGTCTACAGCAAATACATGGGTTTTCTTTATTGAAAGCTAACATGCCTTTGCTTCCGTGCATTCTCTTTTGAGAGGCAATGAAGTGGACCATCGGATGGAGATCTGACTGTCCATGCTGATAGAAAGCTGGCTTTTGAATCCCTCTTCCTAACTGCCATCTCCAACGGTGTTGGAGCATGCTCCCCAGCCAACCGATCACCTCTGGACGTCTCTGTTGGTGTACCACTGTCGGGTCTGTGTCCGCAATGATGATTTAAGGCTTGGCTAACTTCCTGAAATATTTCGCGTAATGCTATTGTACCCCTTTCCGTTGTCTTTAACTATTATTATCCAATCATGACTTAATTAGC 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR444 2e-40 ssp-MIR444a 8e-55 -63.1 ......((.((((.(((((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((...................))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).))..... (-63.1)