mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTTTGCGGTCTGGGCTTGC AAGCCCTTACCCCAAAAAGCA GTCCTTCTCAAATCTTTTTGCGGTCTGGGCTTGCTGTATGTAAATACCTAGCCGGGAAGCCCTTACCCCAAAAAGCATTTGCGGAGGGCG 4 0 5' arm Xenopus_tropicalis mirbase mir-129 6e-27 tgu-mir-129 9e-26 -41.9 (((((((.((((((((((((.(((..((((((.(((..((........))..))).))))))..))).))))))).))))).))))))). (-41.90)