mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAAATTTGACTTAGGACAAA TATGCCAAGTCAAACATCTTT ACTACTGAAGTTACTTACTCCCTTTGTTCCAAATTATAGTTCACTTTGGCTTTATGCCAAGTCAAACATCTTTTAAGTTCGACCAAGTTTATAGAAAAAGCCACCAACATCCACAAGATCAAATTAGTTTTATTAAATTATCCATGGAATATGTTTTCATAAACTGTAGATGTTACTATATATTTTTTTTTCTAAAAACTTGGTCTTTAGGGAAATTTGACTTAGGACAAACCTAAAGGGAACTATATTTTGGAATGGAGAGAGAGTATATTGTAAGTTA AAAATGAATAGTATGTCACTACTGAAGTTACTTACTCCCTTTGTTCCAAATTATAGTTCACTTTGGCTTTATGCCAAGTCAAACATCTTTTAAGTTCGACCAAGTTTATAGAAAAAGCCACCAACATCCACAAGATCAAATTAGTTTTATTAAATTATCCATGGAATATGTTTTCATAAACTGTAGATGTTACTATATATTTTTTTTTCTAAAAACTTGGTCTTTAGGGAAATTTGACTTAGGACAAACCTAAAGGGAACTATATTTTGGAATGGAGAGAGAGTATATTGTAAGTTATAACTAGGTCTGTAGACTGTAGTTGTGTTTCCTGTTTGTCTCTATATAACTGGAATTGCTATATTTCTTCTTAGGGAATAAAGTAAAATTAATTTTTTTTTGCTTNNN 4 2 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 bdi-MIR5169 0.00000002 -72.3 .......((.((((.(((((.((((((((((((.((((((((.((((((.(((...((((((((((..(((((.......((((((((((.(((((((((.....((((((.(((.(((.((.(((((...))))).))))).((((((.....))))))....))).))))))...........))))))))).))))))))))...)))))..)))))))).))..))).)))))).)))))))).))))))))))))...)))))....)))).)). (-72.3)