mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTGGGACAGAGGGAGTAGA TACTCCCTCCATCCCAGAATG ACACTACTCCCTCCATCCCAGAATGTTAGACGTTTTAGGATTCAAAGTTTGTCTCAAAACGCTTGACGTTATAGCCTAAATCGTGGGTCCCACTCTAGCCTAATCAAGACGTCAATCATCCATCCACCGTTGTCCCAGCGCTTTCCGTCCACTAGCCTAGATGCTAATTGGTGGAGCAGAGCAAAAGTGGTGGCCAGGCATGAAACCAAGGCAATGAATGCGCATGTCATTTCAATTTTTGTAGGGGTATCAGGGACTTTTATCTCCGCCATTGGTTACAGGTCCCAATCCTATGACGTCAAGCAATCTGGGACAGAGGGAGTAGATCCCTAATG ACACTACTCCCTCCATCCCAGAATGTTAGACGTTTTAGGATTCAAAGTTTGTCTCAAAACGCTTGACGTTATAGCCTAAATCGTGGGTCCCACTCTAGCCTAATCAAGACGTCAATCATCCATCCACCGTTGTCCCAGCGCTTTCCGTCCACTAGCCTAGATGCTAATTGGTGGAGCAGAGCAAAAGTGGTGGCCAGGCATGAAACCAAGGCAATGAATGCGCATGTCATTTCAATTTTTGTAGGGGTATCAGGGACTTTTATCTCCGCCATTGGTTACAGGTCCCAATCCTATGACGTCAAGCAATCTGGGACAGAGGGAGTAGATCCCTAATGCATATGCAATTATGACTTCACCTAGTGGTACCTAACAAAGGAAGGTATGCTTAGTTTACAAAAGGAACACTCATATGAACATGCCTAGGCCAAGGAGCATCAAATTTAACACACACACACACACACACACCAGACACACACATTCATTGGT 4 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 100 -98.5 ...((((((((((..(((((((.((((.((((((.(((((((....((((......))))..((((((((.(((.(((....((((...))))..))).))).....))))))))((((((..((((((((........(((((...((((((((..(((...))).))))))))..)))))...))))))))...)).)))).(((...((((((((.((....))...))))....))))...)))....(((((((.((...((......)).)).)))))))))))))).)))))).)))).)))))))..)))))))))).......... (-98.5)