mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACGGAGGGAGTAAA TAATCCATTCGTTCCAAAATG ATATAGATATAGATATAGATATAATCCATTCGTTCCAAAATGGATGACACTTTTGACTTTTAGATATCACGTTTGACCATTTGTCTTATTCAATTTTTTGTGCANATAATAAAATAAACAAGTCTTCATTATAAAGTATCTCTAATGATTAAAATAGTCATAATTAANATTTTTGAATATGACAAACAGTCCAACAAGATGTGTAAAAGTAAAAAAACGTTATGTATTTTGGGACGGAGGGAGTAAATATTATAGAGTATAGATA GACTTTGGAGCATTGGCAAAAGTGTCAGGGCACTTACATTATGGTTATGGAGTAGCATATTCTGCTGGATCGCTTTTGCTGACGCTAGCCTAAAAGATGAGCGAAATATGATAACTCATTCATTGATGGTGCTTCAATTTTCTATTATTAGCAAACATGCCCGTACATTGCAACAGAACCCCACTACATATAGAATCGGACTCTGTATTTTTCATCCCTAAACGCGAGTTATTCTAACCCTTCACTGACCGGGTAGTTAGGAGGAGATGGACGAAAAAAATGGATGAAGAGAAATTTTGCCTCTTTAATATTAGGATATTAGGTATATAGATATAGATATAGACATAGAATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAGATATAATCCATTCGTTCCAAAATGGATGACACTTTTGACTTTTAGATATCACGTTTGACCATTTGTCTTATTCAATTTTTTGTGCANATAATAAAATAAACAAGTCTTCATTATAAAGTATCTCTAATGATTAAAATAGTCATAATTAANATTTTTGAATATGACAAACAGTCCAACAAGATGTGTAAAAGTAAAAAAACGTTATGTATTTTGGGACGGAGGGAGTAAATATTATAGAGTATAGATATA 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR812 0.000000004 osa-MIR1884a 0.0002 -56.5 .((((..(((....)))..)))).(((.((((((((((((((.(((((..((((.(((((((.(((((..(((.(((..((((((.(((((((..((((((.......)))))).....((((.((.((((..............((((((...)))))))))).)).))))))))))).))))))..))).)))..))))).)))))))..))))..))))).)))))))))))))).)))....(((((....)))))..... (-56.5)