mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTTCCAAATT TTTGGAATGGAGGGAGTAGCG ATACTGCAGTGTTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGACGTTTTATTTTTTTCTAGATATATTGCTTTTACTTTGTATCTAGACATAATATATATCTAAGCGCATAGTAAAGTCTACGTATCTAGAAAAGCCATAACATTTTTATAATTTGGAATGGAGGGAGTAGCGTTTTTTTT GCAATGACTATATAGTAACATGCCACCCGAAAACTAGGTAATTCTAGGATACTGCAGTGTTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGACGTTTTATTTTTTTCTAGATATATTGCTTTTACTTTGTATCTAGACATAATATATATCTAAGCGCATAGTAAAGTCTACGTATCTAGAAAAGCCATAACATTTTTATAATTTGGAATGGAGGGAGTAGCGTTTTTTTTTAAAGAAAATAAAGAGAGTTCTTAATACCACATACAATCGTAACGTGAATGCTTTGAATATCATGGTCCTGATTCTGAGCTTGAGCATTTAGCCTGGACGTCATATGTTTATCATGCCATAAATACTTCTGATATTCTGTATGATCTCCTTTTTAGTTGAAATAGCTGTCCCTTTTGTTTTAAATGTCTTTTCTAATGACTATCAAA 0 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.0000000002 100 -61.3 .........(((((((((((((((((((((((((((((.(((.....(((((((((((((.....(((((((.(((...((((.(((...))).))))...))).))))))).....)))))))))))))....)))..)))))))))))))))))))))))))))))........ (-61.3)