mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCTTGCATCAATTGAATCG ATTCGCTTGGTGCAGGTCGAG GGTCACCGTCTTGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGAGAACTAATTGTCTAACACATCCACGAAGTTTTACTTGCTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAATTGAATCGGAGCCCTGATCGTGA GGATAGGGTCTTAAAACAAAAAAGCTCCATTTGCCTCATTTCGCCGTTACGAACCAAAACTTTTCTTCTCTCTCGTTGTATTCTTTTTCTTTTCGTTTTCTATAACAGTCAGTCTTAGTTTTCTCCTTTGAGATAATATGATAAGGGTCACCGTCTTGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGAGAACTAATTGTCTAACACATCCACGAAGTTTTACTTGCTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAATTGAATCGGAGCCCTGATCGTGAAATGAACAAAAACCAAGAATTCAATCAGATCTCGGACGTATATATGCACTCGTTTCTCCTTCTGCTTCTCCTCCATATTCTTTTTTTTTTCTTATTATTTTGATATTTAATTTTGTTTTCTTTGAATCTTAACTCTTTTTGTTTGCAAAATTTCCTTGATTTAACTCTAAAAGGGTCTTTGATTTTGTTTGGTTTAAGCTATAAGGTTTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR168 4e-57 ath-MIR168a 2e-18 -46.4 ..((((.(((..((((.((((((.((((((((((.((.((.((((((.(((..((((.(((..((((...))))..)))..))))...))))))))).)).)).)))))))))).)))))).))))...))).)))) (-46.4)