mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTGC GGCTGGTAAAAAGGAACCAGAT TGCCTTCCTGGGGCTGGTAAAAAGGAACCAGATCAACTACAACTGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGCAGTGGGGCA 4 2 3' arm Gallus_gallus mirbase mir-133 2e-38 pma-mir-133a 0.00000000000006 -39.7 .((((..(((.(((((((...((((.((((((((...........))))))))..))))..))))))).)))..)))). (-39.70)