mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTTTATTCCTATGTGA ATATAGGGATTGAAGCCGTGCA GCCTCACTGTCCTGTATGGCTTTTTATTCCTATGTGATTATACATCCCGCTTCATATAGGGATTGAAGCCGTGCAAGGCGCTGGGGTC 1 1 5' arm Gallus_gallus mirbase mir-135 1e-43 tgu-mir-135b 1e-27 -43.24 ((((((.((((.(((((((((((..((((((((((((..............)))))))))))).))))))))))).)))).)))))). (-43.24)