mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGTTTTACCCTATGGTAG ACCACAGGGTAGAACCACGGA TGCGTCTCTCCGTGTCCTGCCAGTGGTTTTACCCTATGGTAGGTTACGTCATGCTGTTCTACCACAGGGTAGAACCACGGACGGGATGCCGGGGC 2 0 5' arm Gallus_gallus mirbase mir-140 9e-48 mml-mir-140 2e-39 -50.6 .......((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((..(((......)))))))))).))))))))))))))).))))))).))))). (-50.60)