mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCATAAAGTAGAAAGCACTAC AGTGTTTCCTACTTTATGGATG GACAGTGCAGTCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACAGCACTGCAGGGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGTG 2 0 5' arm Gallus_gallus mirbase mir-142 1e-43 gga-mir-142 7e-45 -44.7 .((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((.(..(.((...)).)..)))))))))).))))))))))).))).)))))))). (-44.70)