mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACAGTATAGATGATGTACTC GGATATCATCATATACTGTAAGT CCCGCCGCCCTGGGCTGGATATCATCATATACTGTAAGTTCACTATGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTCCCCTGGGCTGC 4 1 3' arm Gallus_gallus mirbase mir-144 1e-40 tgu-mir-144 1e-21 -37.4 ...((.((((.(((..(.((((((((.(((((((((..(((.....)))....))))))))))))))))).)..))).)))).)) (-37.40)