mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGGTAGTTTCATGTTGTTGG GGCAACAAGAAACTGCCTTAA TTTCATGCAGCTGATCTGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTGGCTTTTAGCTCGGCAACAAGAAACTGCCTTAATTACGTCAGTTAGTCTTCATCAAGGGC 2 0 5' arm Gallus_gallus mirbase mir-196 1e-44 xtr-mir-196a 2e-30 -40.1 ........(((((((..((((((.((((((((((.((((((((((.(((.....))))))))))))).)))))))))).))))))))))))).(((((.....))))) (-40.10)