mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAAATGAAT TCGCCTGGTGCAGGTCGGGAA ATGATAAGGGTCACCGTCTTGCTCGGATTCGCCTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTGTCTGACACATCCACGAAGTTTTACTTGCTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAAATGAATCGGAGTCCTGATGGTGAAATGAATA GATGATAAGGGTCACCGTCTTGCTCGGATTCGCCTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTGTCTGACACATCCACGAAGTTTTACTTGCTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAAATGAATCGGAGTCCTGATGGTGAAATGAATAAAAACCAAGAATTCAATCAGATCTTGGACATATATATGCACTCTTTTCTCCTTCTCCTTCTCCTCCATATTCTTTTTTTTCTTATTATTTTGATATTTAATTCTGTTTTCTTTGAATCTTAAATCTTTTTGTTTGCAAAATTTCCTTTGATTTAACACTAAAAGGGTCTTTGATTTTGTTTGGTTTAAGCTATAAGGTTTCCCCAAATCAAGATGCTTTTTTCCGAAATCAAGATGCTGATATCACCGTTGTACACTAGAGATTGTTGGTGTAATTACCTCTCGATTCAATTATTACATGCCCGATAGAGATAAAGATAAAGAGATTTGTTCTTGAGAATGTCTAGGGTTCATAATTTGGTTTTAGTTTGAATAGGGTGCGACGATAAAGATTCAAGATGACATGTTTAATTCGTAAAAGCTAAATAGTAAAAGTTAGTTTACTAAATTATGTTAGGTTTTGTTGAGATAAATCTTTTGGCGACTTTGTTCCTTAACACCTGAGAAGTGAAGAAGCACCGTTACAAACACATTTATTTTTGTTATATACACTGTGTATTGATTATTGA 3 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR168 3e-70 ath-MIR168a 6e-19 -60.1 ..........((((((((..((((.((((((..(((((((((.(((((.((((((.((((.((((.(((..((((...))))..)))..))))..)))))))))).))))).)))))))))..)))))).))))...))))))))........ (-60.1)