mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTAGTGCGGTTCAATC TGTTCACCGGTAACGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCGTGTTCTCACTTGATAGAGATCGGTTTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGTCAACCCAAAAC GAATCTTTCAAATAGCCACGTTCCTTTTTTTCACCGTTGATGCTACTTTTGTCTTTGACGTTGCTGAAAGTAAGAGTTCTGCAAGGATCCGATGATGTTCACCGGTAACGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCGTGTTCTCACTTGATAGAGATCGGTTTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGTCAACCCAAAACGGCAAAGATGGTTTTATTAACCGTGAAGGTATGTTGACACGCGACACGCGACACAAACCCCAAAATCCAAGTACAGCTGCGATATAACACTTCTATTTTTAGAAAGTAAATAAGGAATTTTAAGCAAAAAAAAATGTAGCAACACGCTACGAGAGTAAAAGTAATAGCTAGAATGAAAATGTTGTCGTGGGCTTTCTATCGCGAGGATATTGCAACAATACAGAGAATTATAAGTTTTGATTTGTACTTATTTGCACTTCTGTCTACAGTTAATTGGCTTGTTTTTAACGTTACTTAAATAAAAGTGTAAGGTTTATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTC 2 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR171_1 8e-24 bra-MIR171d 2e-52 -41.3 ........(((.(((((.((((((.(((((((((((((.(((((.((...((((........)))).))...))))).))))))))))))).)))))).)))))..)))...... (-41.3)