mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCTCTATGCTTCTGTCATC TGACAGAAGATAGAGAGCAC TGAAATTGATAGGAAGAAAGAGTGATTATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACCTTCACCTCTTTCGTAAAAATATTTAA AAAATCTCTAATTTAGTTGTTTGTTTTTTGATTTTTAGGTTATATAATTGAAATTGATAGGAAGAAAGAGTGATTATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACCTTCACCTCTTTCGTAAAAATATTTAAATCT 1 1 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest 100 sly-MIR156a 9e-52 -52.3 ...............((((((((((....((.((((((((((((((((((((.((((((((.(((((.......((((...)))).......))))).)))..))))).))))))))))).))))))))).))...))).))))))).............. (-52.3)