mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGATAGAGAGCAC GCTCTCTATGCTTCTGTCATC GGAAGAAAGAGTGATTATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACCTTCACCTCTTTCGTA AAAATCTCTAATTTAGTTGTTTGTTTTTTGATTTTTAGGTTATATAATTGAAATTGATAGGAAGAAAGAGTGATTATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACCTTCACCTCTTTCGTAAAAATATTTAAATCT 0 1 5' arm Solanum_lycopersicum mirnest 100 sly-MIR156a 8e-52 -52.3 ....((((((((((....((.((((((((((((((((((((.((((((((.(((((.......((((...)))).......))))).)))..))))).))))))))))).))))))))).))...))).)))))))... (-52.3)