mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTTTTTATCTTATTTTGA AAGATATAAGATGCAGATTTTGAA TAGTGCTGCTGAAGATATAAGATGCAGATTTTGAAGTGAAGGGCAATTGCTATATAGAGCTAGAAGCTTTGATCCATTTGTTCTTCTATTCTTGTTTTTATCTTATTTTGAGTAAGCGAT GGAAAAAAATGTTTATGTCATAACTATATCTCTTTGCATTGTCAAGGCTATAAGTAAATTAGTTGCGAAAACAGAATGGTATAGTGCTGCTGAAGATATAAGATGCAGATTTTGAAGTGAAGGGCAATTGCTATATAGAGCTAGAAGCTTTGATCCATTTGTTCTTCTATTCTTGTTTTTATCTTATTTTGAGTAAGCGATAACA 5 1 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest 100 100 -32.3 ...(((((((...((.((((((((.((((...(((..(((((((((.((.....(((((((...)))))))...)).)))))))))..)))..)))).)))))))).)).))).)))).. (-32.3)