mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAATCTTGATGATGCTGCAT GCAACATCATCAAGATTCAC ATCATCAGTCAATGTTTGAGGATGCAACATCATCAAGATTCACAAAACTTGAAGGGAGAAGTATTTAATTATATATTTAGGGTGAATATTGGATATATAATATAGTTCAAAGTCTCTTATTTTCTCTCTTTGGGAATCTTGATGATGCTGCATCATCTAACATATGACTCTAT CCTCCTCCTCTTCATTTGTTTAACACTTTTTTTCATGTCATTTGAATACTCTCNNNNNNNNGGTTTTCTTCATCATCAGTCAATGTTTGAGGATGCAACATCATCAAGATTCACAAAACTTGAAGGGAGAAGTATTTAATTATATATTTAGGGTGAATATTGGATATATAATATAGTTCAAAGTCTCTTATTTTCTCTCTTTGGGAATCTTGATGATGCTGCATCATCTAACATATGACTCTATCCTTGTAAACAAAAAGTCATGGTGGTGATCTTAAGGTAATGTTTTTTCTGCCTTTTGTGATTTTAAGATATTTAATAATTAATGTATAGTTTCAGTATGAGTAATGATATGGATCATCAATAATAGGGAATTATTCAACTATAGCAAGAAATTTCTTGCTATAAAAATGTTCATTGATTAGGTGCATCACATGTAGTAGGTTAATTACTTAGCTATATTTTATTCCNNGTTTTTGTAGTCCACATTTCAATAGACAATTCATTACGTCTATTTATCT 1 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest mir-172 0.000003 tcc-MIR172c 0.00000004 -54.4 ......((((((((((.((.((((((.((((((((((((((.((((....(((((((((...(((..(((((((((((((........)))))))))))))..)))......)))))...))))....)))).)))))))))))))).)))))).)).))))).))))).... (-54.4)