mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGTCCAACCTCACATGTCCT GATATATGTGGTCAGACCTATC GAGGTTAGATGGCACTTTGGGGTTTCCTTCTGAGGAATATCAGACCTGTGGGAAAGGTCCAACCTCACATGTCCTGTATAGAATAAGGAGGGATATATGTGGTCAGACCTATCCCACAGGCCCTGTATTCTTACACAAGTGCAGAGACCTTGACATGCCATCTGATCTT 5 0 5' arm Gallus_gallus mirbase 100 tgu-mir-2188 5e-81 -83.94 ((((((((((((((..(..((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((.(((((..(((.((.(((((((..............))))))).)).)))..))))).)))))))))..)))))))))).)).)))....)))))))..)..)))))))))))))) (-83.94)