mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACATCATCAAGATTCACAA GGGAATCTTGATGATGCTGCA ATCAGTCAATGTTTGAGGATGCAACATCATCAAGATTCACAAAACTTGAAGGGAGAAGTATTTAATTATATATTTAGGGTGAATATTGGATATATAATATAGTTCAAAGTCTCTTATTTTCTCTCTTTGGGAATCTTGATGATGCTGCATCATCTAACATATGACTC CCTCCTCCTCTTCATTTGTTTAACACTTTTTTTCATGTCATTTGAATACTCTCNNNNNNNNGGTTTTCTTCATCATCAGTCAATGTTTGAGGATGCAACATCATCAAGATTCACAAAACTTGAAGGGAGAAGTATTTAATTATATATTTAGGGTGAATATTGGATATATAATATAGTTCAAAGTCTCTTATTTTCTCTCTTTGGGAATCTTGATGATGCTGCATCATCTAACATATGACTCTATCCTTGTAAACAAAAAGTCATGGTGGTGATCTTAAGGTAATGTTTTTTCTGCCTTTTGTGATTTTAAGATATTTAATAATTAATGTATAGTTTCAGTATGAGTAATGATATGGATCATCAATAATAGGGAATTATTCAACTATAGCAAGAAATTTCTTGCTATAAAAATGTTCATTGATTAGGTGCATCACATGTAGTAGGTTAATTACTTAGCTATATTTTATTCCNNGTTTTTGTAGTCCACATTTCAATAGACAATTCATTACGTCTATTTATCT 2 0 5' arm Solanum_lycopersicum mirnest mir-172 0.000002 tcc-MIR172c 0.00000003 -54.4 ...((((((((((.((.((((((.((((((((((((((.((((....(((((((((...(((..(((((((((((((........)))))))))))))..)))......)))))...))))....)))).)))))))))))))).)))))).)).))))).))))). (-54.4)