mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA GACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACCTGGCAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTTCAGGTGGG 3 1 3' arm Taeniopygia_guttata mirbase mir-1 5e-30 gga-mir-1a-1 2e-29 -23.44 .((((((((((((((((..(((((..............))))).))))))))))))))))............ (-23.44)