mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTA GGGCTACACTCTATTGGCATG AATTGTAAGGGAAACAGTGATAGGGCTACACTCTATTGGCATGCAACTTGATCAAATATTTGAGCTGAAATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTATTACTGTCTCTACTTAATG AGTTCGTGAACGATAGTAATTGTAAGGGAAACAGTGATAGGGCTACACTCTATTGGCATGCAACTTGATCAAATATTTGAGCTGAAATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTATTACTGTCTCTACTTAATGTAATGTAATTACACGCATGTTGCAGTACTTAATATATATGAAATTAGGTCTTAGGCCTAATTCACACCCCAAAAGCTAGCTCAAAGGGAGGAGGATTGTCCAAGCCTTATAAGGAGTTCACCCATCTCATTAATCACCGATGTGGAACTTTTGTCATTCTTTAACAATATATACTGTGATGCAAAAGGTATTGTTATACTTGCCTTGACTAAAATTTACATTGGTTGTTCTTCTTTGTAGCAACAACCCTTAATTATATTATCGCCTTAGCTAAGTCCCTTCTATTTGTTGCCATTAACTTTAACTCGACTCTATGTTTTAGGTGTAAATGTCAAGGCAAAAAATATTATTGCTA 3 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest 100 sly-MIR399 1e-34 -45.7 .....(((((((.(((((((((((((.((.((((.(((((((.((.(((((........))))).))..))))))).)))).)).))))))))))))).))).))))... (-45.7)