mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAACAA TGTTATGGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAACAAAAAATCTAACAGGTTAAATTGAGCTGCTGACCTATGGATTCCTCAGCCCTATCTATTTATGATTTCAAACATATAGATAGGTTTGTGGGTTTGCATATGTCAGGAGCTTTATTTTACCCTTTGTTTGATCATTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATTCATTTC CGAAATATATAGATAGATCCAAAACTCATGTGAGTTTTTGTTATCTTCATTTTTGGGAAGAATTAGGATAAGATTAGGGTTTTTGTACATATGTTGACTTGATATTATTTTATGTGTTATGGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAACAAAAAATCTAACAGGTTAAATTGAGCTGCTGACCTATGGATTCCTCAGCCCTATCTATTTATGATTTCAAACATATAGATAGGTTTGTGGGTTTGCATATGTCAGGAGCTTTATTTTACCCTTTGTTTGATCATTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATTCATTTCTTCTTACTAGTTTAATCTATGTTGGTAAATTAATCTACTCATATTATACTTTAGATCTAGTTTCTTAGATTTTATAATCTAGTATGTAGATCTTATTTTCTATTTCTAGCTACTGTTCAAATATACATATATATATGATTTTGGATAAATTTTTAAAATTTTTGATGGTCTGTTTTAATAGATCTGATTTTCCTATTTCAGGCTTCTGAAAAAATGTTGGATTTAGATTTGGGTTTGAAGTGTTTCAGCGCAGCTTTTATCGTTTGTCTAGATTTGAGTTGTGGAAGATAATATTTTAGAAACTGAATTTTTACAGTTGTGTAAATTGGGAAATACTTGTTTGTTTTTTACTTTTTGACTACATTTACAG 3 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest MIR159 1e-101 sly-MIR159 2e-93 -72.3 ....(((((.((((((((((((..(((((((.(((..(((.(((((((.((((.(((((.(((((.((((((.(((.(((.(((((((((...((....)).....))))))))).))).))).)).)))).))))).))))).)))).)))...)))).)))..))).)))))))..)))))))))))).)))))... (-72.3)