mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGAGTGAGCACACATGGTT CTCTGCGTGCTCACGCTCTAT CGCGATGCGTATACGTAAATACAAGGTAAATTAAGGATGGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCATGGATTATTCCCCATGTTTAAAAGCTCTGCGTGCTCACGCTCTATCTGTCACACACCAAAACTCTTTTATCTTTTTTACATATGTTATAA AACTATTGGTGATATTCGCGATGCGTATACGTAAATACAAGGTAAATTAAGGATGGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCATGGATTATTCCCCATGTTTAAAAGCTCTGCGTGCTCACGCTCTATCTGTCACACACCAAAACTCTTTTATCTTTTTTACATATGTTATAAGTCATTTCCATATATACTTATTAAATGTTGTCCCCTCTATCTCACTATGTATGAATATCAATCAATCAACAAACAAAACAAGTGCCTTGTGGTGTTTGTTGTTTGTTGGAGTTCTTTCTCTCAAGTTTCAAAACTTGGAAAATTTTTTTTAAAGTTGGACACAGTATACTTCTCTTTATTAACTTGGACTAGAACTTAGCTAGACACCAATTTTTTAAGTCTTTCTTTCTTCTTCATTTAGCCCTTTTTGCTAGTCAAGATGTCATATGCCTATCNAGCCCTAGTTTTTTTTAAAAAAAAGTAATTCCA 3 0 5' arm Solanum_lycopersicum mirnest mir-156 0.00000001 tcc-MIR156d 0.0000000001 -51.5 ......((((((..(((((...((((((((...((..(((((((((((((((.((((((((.((.((((.((.(((((........)))))...)).)))).)).)))))))).)))).))))))))...)))...))..)))))))).)))))))))))..... (-51.5)