mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GTGGCATAATCAAGATTCACG ATTTTTCTTACAGTCGTTGTTTGCATATGTGGCATAATCAAGATTCACGTGAAAAGTTGCAAATTGGTTATATAATTGATGAAATTAATGGCTGGCTATTTGAAACTCACGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCAATAAACGACTATTGCAATTA TATTTTTCTTACAGTCGTTGTTTGCATATGTGGCATAATCAAGATTCACGTGAAAAGTTGCAAATTGGTTATATAATTGATGAAATTAATGGCTGGCTATTTGAAACTCACGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCAATAAACGACTATTGCAATTAGAGCATTGCAACGATACAGAAAAAATTAATACGACATGAATTAAGGAATGATCTATATATTTCTTAGATCGGGAACTTGTAAGTATACTTCCTAGTCCTTTATTCGTATGAATCTATATTTTCGGGAACTTTTTCATGTTCTTGTAGCTGAATTTCATTGTTGTTAATCTGTTTTTTCAAGATAGAGCTACTGAATTTAGATTCTCTTAGTTTTATCTTCTTTTTTTTAATATAGAAATCAATAATTAGGCACAAATCTTTTAAGACTGATTAGAATGAGTTTCAAATTAAATATCATTTTAGAAAAAGAAGTGCATAGATCTTTGGTTATTCTCTCAGCAGGTATTCATGAAGGAGAGCAGAGCAGATTCGAGATTTGAAGTTTATGAATTTTTATA 2 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest mir-172 0.0000000006 sly-MIR172a 2e-55 -52.9 ...........(((((((..((((..(((((((((.((((((((((.(((((...(((.((((((((((((.(((((.....))))))))))))...))))).)))))))).)))))))))).)))))))))..))))..))))))).......... (-52.9)