mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC AACTTTTTTGCGGCCGCCTCTTATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACCTCATTCGCCGGCGCCGGGAATAATGCCGGACGAACGACGGCGGTGTTAATTCTACTAAAGCTGTCACCGACGGATAGATGTTTGATTAGCGGCGAAATTTGGGTCCTGCCTTGCATCAACTGAATTGGAGACCGCTGTGAAATGAA ATCTCTGCCCTTTGTTCAGTTCAACTTTTTTGCGGCCGCCTCTTATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACCTCATTCGCCGGCGCCGGGAATAATGCCGGACGAACGACGGCGGTGTTAATTCTACTAAAGCTGTCACCGACGGATAGATGTTTGATTAGCGGCGAAATTTGGGTCCTGCCTTGCATCAACTGAATTGGAGACCGCTGTGAAATGAAGATTTTGGATTGATTTAATCTAACTCAGATTCGGTTTAGATCGATCTAGTATTGGCGATTTGCTTTGCCTCAGCAATCTTCATGAAACTAATGGCTAAACGATGTTTTGGATACTCTAATTGGTCATAGAGTTTTCTTGGACTCTCCAAAATGCCGATGGGTGCGTGTCTTCCAAAGGCCTTGTATAGACATTTTTATACTCTAATTGGTCATAGAGTTCACTGACTAGAAAAGCTACGATGCTGTGAAACTGTGATGGAACTTTGGATAAAGATTATTGTTACCCTCTGCTATGTATGTGGATGTCAATCTCCTCACATACTCTGTCTTCTATGAATTTACCAGTCTGGGATCTAATCTGATTGCATTCCTTCCTAGGTAATGACAACTTTTTACATTGCAAATAAGCAGCTTATTACAGCATCTCTACTAGACTTTTTTCTTCGCCCACGAGTTTATCCACTGTGT 2 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirnest MIR168 0.0000002 tcc-MIR168 0.0000002 -68.1 .....(((((((((...((((.(((((.((((((((((.((((((((..(((((((.((((((........)))).))...((((((..((.((....)).))..))))))...(((((((....))))).))..)))))))....)))))))).)))))))))).))))).))))...))))))))).... (-68.1)