mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGAAGATAGAGAGCACATAT TTGTGCTCTCTATGCTTCCG CAGAAGATAGAGAGCACATATGATGGAATGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAATCTGGAGAGTCTTAACAATAAAAAAAAGCATTTCACTTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCCG CAGAAGATAGAGAGCACATATGATGGAATGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAATCTGGAGAGTCTTAACAATAAAAAAAAGCATTTCACTTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCCGTCATCCCTTTCATCCTCTTCTCCTTCTATTTTTCTCTTCTCTCTCCCTAAATCTATACAATAACTCGTTCAATTTTTAGGTTTTTCTTACTGGGGAAATTTCTTCCAATTTCTGTAAAAGGGAAGGTAGGGCACCTACCATCATTATTCACCCATAATTATCCCTTTTTTTTTCTTCTTCTTTTGATGTGCAGGTTT 3 1 5' arm Solanum_lycopersicum mirnest 100 sly-MIR156a 0.000001 -34.9 ..((((((((((((((((.(((((((((((((..((.((.((..(((..........)))..)).)).))......)))))))))..)))).)))))))))))).)))).. (-34.9)