mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGTAGTCTGCACATTGGTT CTGTTCAGGACAATGCTGTTG GCGTCCGGAGATCCTGCTCCGTCGCCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCAGGACAATGCTGTTGTACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGACTGGGCAAGGGAAAGCGGCGGCGTGGACTATTGGGGACGC 4 5 3' arm Taeniopygia_guttata mirbase mir-199 1e-50 tgu-mir-199-2 1e-68 -55.4 ((((((..((.(((.((.((((((((((..(((((((.((((((((.((((....(((((.....))))).)))).)))..)).))).))))))).)))...))))))).))))))).....)))))) (-55.40)