mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT GGAGATTCTTTCAGTCCAGTC GAAGCGAGACTGAAATAGATAGATATAGAAGGAGATTCTTTCAGTCCAGTCATGGATAGAACAAGAAGAGGGTAGAAACATCTGCCGACTCATCCATCCAAACACTTCTGGTAAAAAGAAAAGAGATTTTATACCACAGTGGCTGTGTGAATGATGCGGGAGATGTTTTCATCTCTCTTTATCTGTGTTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCTTAATTTACATGTTTCAAATTTTCTC TGTAGAATCAACTGAACCCAAACCTGCTTTTTATAAGTGTGTGGCCCTTTAGTGTTTCAATCATATATCTATGAAGCGAGACTGAAATAGATAGATATAGAAGGAGATTCTTTCAGTCCAGTCATGGATAGAACAAGAAGAGGGTAGAAACATCTGCCGACTCATCCATCCAAACACTTCTGGTAAAAAGAAAAGAGATTTTATACCACAGTGGCTGTGTGAATGATGCGGGAGATGTTTTCATCTCTCTTTATCTGTGTTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCTTAATTTACATGTTTCAAATTTTCTCATGATCTTTTAATTTATCAAAACAGATTTGTATTTTAGGACGTTGATCACAAGTTCAAAAATGACAATGAATTGGATAGAGATTCACATTCTTTTACCTCTTTCTAATGAATTTAATATATAACCCGGTGATTTAGTATTTGATGTCAAACAATCTAGCAACTATTCCCTAGCTAGTGTTGTATTTAAAGGTATAGTCAAATTTACAAGTAGCCAATTTCTCCCATGGATAGATATACACAGTGTAAGGTGTATAGATAAACTCGTGTACTTCTTGTTTTGGGAATTGAAATGACGACATAATATAGGGAGAGAGATTGTGTTCTTGCCTTATTCGTATTTTGTAAAATAAGTAATTTTGTACTTGTAATTTTATGTTCCCAATGACTG 1 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR159 2e-103 aly-MIR319d 2e-59 -83.6 .....((((.(((((((..(((((..((((((((.((((((((((((((.((((((((.......(((((((..(((((((((.(((..((((.(((.((..((((..(((((.....((((....)))).))))).))))..)).))).))))..))).)))))))))...))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))..)))))..)))))))...)))).. (-83.6)